直营公司店铺转让赔偿员工确实需要交税。依据我国相关法律规定，赔偿金应计入综合所得，按超额累进税率缴税。《中华人民共和国个人所得税法》规定，赔偿金属于个人所得，需依法纳税。若不及时处理，可能导致税务违规，面临罚款等严重后果。
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赔偿需交税。操作如下：1. 确认赔偿金额，计入员工综合所得；2. 根据税法，计算应纳税所得额；3. 按超额累进税率缴税；4. 保留相关凭证，以备税务核查。确保合规处理，避免税务风险。
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处理赔偿员工交税问题，常见方式有咨询税务机构或专业律师。选择时，应考虑专业性和针对性，税务机构擅长税务处理，律师则能提供法律支持，确保合规。